假阴性判断：造成假阴性结果的原因有很多，主要体现在FAM扩增曲线不起来，原因包括标本抑制，核酸提取失败，基因突变以及仪器故障等。
目前国内主流PCR试剂都不带内标监控功能，用于检测目标基因的FAM扩增曲线既用来定量又用于定性（判断阴阳性），因此FAM扩增曲线的好坏非常关键。对于此类无内标试剂，建议结合乙肝血清标志物结果（五项定量/定性结果）来判断阴阳性，即使是FAM曲线有扩增也应该参考此结果，特别是E抗原结果。同时，对于拥有竞争性内标监控功能的试剂来说，可有以下四种情况发生：如FAM无扩增，内标有扩增：结果正常，判断该样本为阴性结果；如FAM无扩增，内标也无扩增：结果异常，可能原因核酸提取失败或有抑制，一定要重复实验；如FAM有扩增，内标有扩增：结果正常，因为待测核酸和内标在同一反应体系下扩增；如FAM有扩增，内标无扩增：结果正常，强阳性样本会抑制内标的扩增，导致内标结果偏弱或阴性。
假阳性判断（如何判定）：临床PCR检测当中造成假阳性结果的情况比较少，原因包括试剂污染，气溶胶污染，操作污染，扩增产物污染，非特异性扩增，耗材污染等，所以建议一定要做阴性对照来监控是否存在污染。
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